Un des objectifs du Programme d'Observation Ecosystémique des Pêcheries Australes (POEPA) est de constituer des collections de référence de spécimen, d’otolithes ou de tissus pour les zones étudiées.
La collection d'ichtyologie du MNHN a bénéficié d'apport important grâce aux nombreuses campagnes de recherche dans la zone et avec les spécimens conservés de façon opportunistes par les contrôleurs de pêche.
Ces dernières années les collections se sont également enrichies de spécimen d'invertébrés marins de référence provenant des campagnes Poker et du suivi COPEC avec le développement du volet benthos.
Les spécimens sont généralement conservés congelés et entiers, ou parfois en alcool. Les collections sont envoyées au MNHN par les armements ou les TAAF. Un prélèvement de tissu est fait pour le barcoding à chaque fois que cela est possible.
POEPA a ainsi permit la description récente de cétacés fossiles (voir Lambert et al., 2017) ) partir de nombreux crânes remontés par les palangres sur des fonds de plus de 1000 m.
Les collections enregistrées sont consultables sur les bases de données collection du Muséum MNHN (en particulier GICIM pour les poissons, INVMAR pour les invertébrés marins) en interrogeant par exemple sur le nom du navire de pêche (exemple « Austral ») ou sur le lieu géographique désiré (Kerguelen….). Elles sont accessibles, pour consultation ou prêt, aux chercheurs des instituts et Musées (via demande COLHELPER). Elles permettent aussi des échanges entre musées. L’utilisation des collections conduit à l’élaboration de guides faunistiques consultables par tout public (voir Duhamel et al., 2005 pour les poissons de Kerguelen et Crozet) où l’on retrouve tous les numéros de collection des spécimens enregistrés dans les collections (nationales et internationales).