Le Conseil Scientifique (CS) est une instance d'expertise et d'évaluation destinée à éclairer les décisions prises lors de commissions annuelles. Il regroupe des scientifiques de plusieurs pays membres de chaque commission internationale.
L'équipe POEPA est membre des délégations scientifiques des territoires française des conseils scientifiques de la CCAMLR et de l'APSOI.