En plus de faire un suivi des pêcheries australes et d'évaluer les ressources vivantes exploitées, l'un des objectifs du POEPA est également d'améliorer nos connaissances sur la biodiversité marine des TAAF. Des campagnes de recherche ont ainsi été mis en place avec différents protocoles scientifiques permettant de, par exemple, :
- modéliser les écosystèmes,
- caractériser et cartographier les habitats,
- d'établir les compositions faunistiques des communautés marines,
- concevoir des protocoles de conservation des habitats et des peuplements marins impactés par les pêcheries australes,
- etc.
Exemple d'un impact des pêcheries sur les cétacés marins : la déprédation