Les pêcheries actives des ZEE françaises australes (Kerguelen, Crozet et Saint-Paul/Amsterdam) nécessitent annuellement un avis scientifique sur les espèces commercialement ciblées et accessoires et sur l’impact environnemental de chaque engin de pêche utilisé (mortalité accidentelle des oiseaux et mammifère marins, déprédation des cétacés, écosystèmes benthiques vulnérables…). Le préfet des TAAF, gestionnaire de la ressource marine, et les ministères concernés (MAEE, MAA, MOM) ainsi que la Réserve Naturelle sont demandeurs d’un état de la ressource exploitée, de son potentiel d’exploitation durable (Total acceptable de captures TAC annuel) et d’une préconisation de mesures techniques permettant de limiter l’impact environnemental des pêcheries.
Le MNHN étant (de par la loi) le conseiller scientifique des TAAF établit annuellement (au moins trois mois avant l’ouverture annuelle de la pêche) un avis (TAC, prescriptions techniques…) en juin sur les deux pêcheries de légine australe Dissostichus eleginoides (Kerguelen, Crozet), sur la pêcherie de poisson des glaces Champsocephalus gunnari (Kerguelen) puis début septembre sur la pêcherie de langouste (Jasus paulensis) et poissons (Polyprion oxygeneios, Latris lineata, Hyperoglyphe antarctica) de Saint-Paul/Amsterdam. Cet avis est basé sur le suivi scientifique des pêcheries réalisé par des observateurs de pêche embarqués, sur les données de statistiques de pêche enregistrées et certifiées dans les carnets de pêche obligatoires puis enregistrées dans la base de données PECHEKER, les campagnes d’évaluation de biomasse halieutique (POKER, PIGE), les résultats de campagnes de marquage/recapture (légine australe, langouste) et enfin la modélisation des stocks. Cet avis tient compte des recommandations du Comité scientifique de la CCAMLR (Commission pour la Conservation des ressources marines de l’Antarctique) en ce qui concerne les ZEE de Kerguelen et Crozet qui sont englobées dans l’aire géographique de cette Convention.
Le MNHN est aussi sollicité par l’Administration française pour des avis plus fréquents sur les pêcheries françaises australes dans le cadre des conventions internationales relatives à l’océan Austral (CCAMLR) ou l’océan Indien sud-ouest (APSOI). La Réserve marine est aussi demandeuse d’avis scientifique. Par ailleurs les armements demandent l’avis scientifique au MNHN dans le cadre de leur certification pour des pêcheries durable (MSC : Marine Stewardship Certification) obtenues en 2013 (Kerguelen) et 2017 (Crozet) pour la légine australe.